Od 1997 roku 550 Maranello przewodził w wynikach sprzedaży luksusowych samochodów, czas działał jednak na niekorzyść i konstrukcja powoli stawała się za stara. Obawę stanowiła też zapowiedź Astona Martina wypuszczenia całkowicie nowego modelu - Vanquisha. Szybszy, lżejszy i ostrzejszy Maranello został zaprezentowany na marcowym salonie w Genewie w 2002.

Literka M, która pojawiła się w nowej nazwie oznacza Modificato - od włoskiego modyfikacja. Najłatwiej zauważalne zmiany w wyglądzie przeszedł przedni pas auta – światła zyskały nową konfigurację, uwzględniając podwójne ksenonowe lampy. Wielu twierdzi, że zmiana lamp wyszła Maranello na niekorzyść i popsuła charakter auta, podobnie jak miało to miejsce w przypadku F512 M. Przedni zderzak został przemodelowany, zwiększając efektywność aerodynamiczną i ilość łapanego powietrza, które chłodziło silnik i hamulce. Z podobnymi intencjami przeprojektowano obręcze kół i podłogę, która zoptymalizowała przepływ powietrza pod autem i wokół kół.

Zmodyfikowana jednostka napędowa F133 E była powodem zmiany drugiego członu nazwy – pojemność skokową powiększono do 5,75 litra, wydłużając cylindry o 2 mm i poszerzając o 1 mm. Przy zwiększeniu stopnia sprężania do 11:1 dało to wzrost mocy o 30 KM. Najważniejszą zmianą była jednak możliwość zamówienia sekwencyjnej skrzyni biegów F1, znanej już wcześniej z Modeny, po raz pierwszy oferowanej w 12-cylindrowym Ferrari. Nowa skrzynia pozwoliła na idealne wyważenie samochodu – 50/50 z kierowcą w kabinie. Oprócz oczywistych zalet jak zmniejszenie szarpania i szybszej zmiany biegów, nowa technologia pozwoliła też na osiągnięcie o 5 km/h większej prędkości maksymalnej (do 325 km/h) i skrócenie o 0,1 s przyspieszania do 100 km/h (do 4,2 s).

Wnętrze doczekało się całkowicie nowej konsoli i tapicerki, opcjonalnie oferowano także kubełkowe fotele skórzane z czteropunktowymi pasami. Do pożądanych bonusów trzeba zaliczyć szyte na miarę walizki i urzekające szycie tapicerki w kształcie diamentów, inspirowane 250 GT Lusso. Po raz pierwszy oferowano też jeszcze większe, 19 calowe obręcze.

Zaprezentowany na początku roku 2002 wszedł do produkcji już w lato tego samego roku.