W połowie lat 90. wyścigi wytrzymałościowe przeżywały głęboki kryzys. Przyczynił się do tego dziwny kierunek obrany przez firmy samochodowe, które w klasie GT1 budowały od zera bardzo zaawansowane konstrukcje, wydając miliony dolarów na samochody takie jak Toyota GT1 czy Mercedes CLK-GTR. Aby zmniejszyć wymagane nakłady wycofano klasę GT1 (w szczątkowej formie pozostała ona jako LMP, ale okazują się one dwoma zupełnie innymi rzeczami), klasę GT2 przemianowano na GT a starą GT na N-GT (w której ścigał się np. 360 GT). Ważną zmianą była też możliwość zarejestrowania na własną rękę przez dany team modelu homologowanego na bazie drogowej wersji samochodu, nawet jeżeli dana firma nie planowała wypuścić takiego samochodu. Tak zaczęła się historia 360 GT, tak też zaczęła się historia 550 - ostatecznie powstały liczne konstrukcje, w których ten model stanowił bazę. Z tego też powodu otrzymywał różne przydomki - GT, GTO i najpopularniejszy GTS, który najczęściej odnosi się do konstrukcji Prodrive'u.

Italtecnica

Pierwszy był Italtecnica. Opracowywany przez firmę bolid często określa się mianem Millenio (opracowywany w 1999, pierwszy start w 2000), budowany był pod klasy FIA GT, Le Mans i jego amerykańskiego odpowiednika. Waga spadła do 1100 kg (z prawie 1700 kg). Italtecnica wyposażyła swój wóz w system hamulcowy przejęty prosto z Formuły 1 i chyba największy w historii dyfuzor. Cylindry silnika wydłużono o 7 mm, przez co pojemność silnika podskoczyła do 6 litrów. Stopień sprężania został podniesiony do 12:1 (możliwe dzięki wzmocnionym cylindrom), co umożliwiło podniesienie mocy o 100 KM w porównaniu do drogowego Maranello. W związku z kolejnymi zmianami możliwe było korzystanie z niestandardowych skrzyni biegów, co wykorzystano montując podzespoły Hewlands. Kompozytowe nadwozie tylko zarysem przypominało oryginał, znacznie poszerzone nadkola poprzecinano licznymi wlotami powietrza, włączając w to wentylatory na masce, chłodzące tarcze hamulcowe.

Pierwszy egzemplarz zbudowano na sezon 2000 - s/n 110866 brał udział w pięciu rundach w barwach First Racing, nie kończąc żadnej. Rok później samochód przeszedł na własność doświadczonego zespołu Gabriele Rafanelliego, który już na sezon wyścigowy wybudował dwa nowe egzemplarze s/n 107633 i 115811. W końcu konstrukcja okazała się być konkurencyjna - czerwone 550-tki często kończyły na punktowanych miejscach, raz na najniższym stopniu podium.

W 2002 Rafanelli odszedł do American Le Mans Series, zostawiając 115811 w Europie. S/n 107633 startował w USA z mieszanym szczęściem. Europejski egzemplarz przeszedł na rzecz zespołu Force One, który gruntownie przerobił nadwozie, w szczególności przedni zderzak. Udało mu się zająć kilka razy miejsca 3., 4. i 5., jednak oczekiwano więcej. Ostatniej próby ulepszenia podjął się specjalista torowych Ferrari - francuski team JMB. Posiadany egzemplarz został przebity na numery 2102, dołączył do niego drugi, nowy - 2104. W FIA GT nie zdobyły żadnych punktów, kilkukrotnie za to zwyciężały w mistrzostwach Włoch

Prodrive

Ścigający się w FIA GT bolid teamu Italtecnica okazał się udaną konstrukcją, jednak był bardzo awaryjny. Był to powód dla którego Frederic Dor wycofał swoje zamówienie na skonstruowanie trzeciego egzemplarza. Nadal był jednak zainteresowany wystawieniem 550 Maranello do wyścigów, o przygotowanie jednego poprosił więc uznaną brytyjską firmę Prodrive.

Założona przez Davida Richardsa, rajdowego mistrza świata z 1979 pilota Ariego Vatanena, (swego czasu również szefa BAR-Hondy) manufaktura z Wielkiej Brytanii specjalizuje się w przygotowywaniu wyczynowych wersji samochodów, znana jest przede wszystkim z robionych przez nich Subaru Imprez WRC i N-grupowych.

W 550 firma zajęła się przede wszystkim silnikiem, który był najsłabszym punktem bolidów Italtecnici. W tym przypadku umieszczono go trochę niżej i bardziej do tyłu, osiągając lepszy balans. Mniejszy niż w przypadku konkurenta, tutaj został powiększony do 5850 cm3, a większość podzespołów zostało zamienionych na karbonowe odpowiedniki. Nigdy oficjalnie nie podano, jaką moc jednostka osiąga, oszacowano ją na ponad 600 KM.

Dużo czasu poświęcono też aerodynamice, znacznie zmieniając nadwozie. Do najważniejszych modyfikacji trzeba zaliczyć powiększone przednie wloty powietrza, wentylatory pokrywające prawie całą maskę, rury wydechowe przeniesione na bok, które nie zakłócałyby pracy ogromnego dyfuzora. Starannie zaprojektowane tylne skrzydło okazało się bardzo efektywne.

Tak przygotowany 550 ścigał się w sezonach 2001 i 2002 - w pierwszym sezonie istnienia model odniósł już swoje dwa zwycięstwa, w roku następnym team Prodrive skupił się na American Le Mans, Europę pozostawiając trzem kolejnym egzemplarzom sprzedanym Scuderii BMS Italia. Szczyt sukcesów przypada na sezon 2002, kiedy Piccini/Delatraz zwyciężyli trzy razy pod rząd.

Do tej pory załogi chętnie korzystają z nich w imprezach takich jak 24-godzinnym wyścigu Le Mans, teraz jednak jest już za wolny dla bolidów takich jak Corvette C6.R czy Aston Martin DBR9. Projekt Prodrive'u dowodzi jakości firmy - jest zdecydowanie najlepszą konstrukcją na tej bazie - są niewiele gorsze od zastępującej ją fabryczną 575 GTC, mimo, że Brytyjczycy nie mieli dostępu do projektów Ferrari - sami musieli rozebrać wszystkie części i szkicować je samemu.

Wieth

Wieth Racing jest niewielkim zakładem przygotowującym samochody do sportu, założonym przez ojca Franza Wietha i syna Niko. Franz zaczął ścigać się na początku lat 90. 348 Challenge. Razem z synem założył wkrótce potem zespół wyścigowy - ich pierwszym owocem było Porsche 911 GT2, które startowało w FIA GT w klasie N-GT. Już sezon później zdecydowali się na odważny krok zbudowania nowego bolidu, właśnie na bazie 550 Maranello (s/n 112133). Został zaprezentowany w listopadzie 2000 roku w Monachium.

Modyfikacje silnika zostały zlecone firmie Voelkl Motorsports. Podobnie jak w przypadku Italtecnici i Prodrive, pojemność powiększono do sześciu litrów, osiągając moc 600 KM. Nadwozie, zawieszenie i poszycie wykonane zostało przez Baumgartner Sportwagen Technik pod nadzorem Franza Wietha. Nadwozie wyróżnia się przede wszystkim rozbudowanym przednim zderzakiem i bocznymi progami. W 2003 roku dodano wloty powietrza na masce i dachu.

Samochód nigdy nie odniósł sukcesu - ukończył 7 na 23 wyścigi w czterech latach startów. Najlepsze miejsce - 7. w klasie, 12. w stawce. Zbudowano też drugi egzemplarz - s/n 115802, ale ten nigdy nie brał udziału w profesjonalnych wyścigach.

XL Racing

Swojego szczęścia z 550 szukał także francuski zespół XL Racing, który zbudował od podstaw swój bolid na sezon 2004 na bazie egzemplarza drogowego s/n 108536, wcześniej należącego do Italtecnici. Zespół chciał rozwinąć konstrukcję, kontynuując starty we francuskich mistrzostwach FFSA GT i Le Mans.

Zarówno skrzynia biegów jak i cały zespół napędowy został przejęty z projektu Italtecnici. Waga spadła do 1235, poprzez odchudzenie wnętrza i zastosowanie paneli karbonowych do tworzenia nadwozia. W zakresie aerodynamiki skupiono się głównie na przednim zderzaku, który został rozwiązany zupełnie inaczej niż w przypadku Italtecnici i Prodrive - wydaje się generować mniejszy docisk, ale lepiej radzić sobie z chłodzeniem, z czym pierwowzór miał problemy. Stąd też pojawiły się największe ze wszystkich wariantów wentylatory na masce, podobne do tych z 575 GTC.

Samochód ostatnio zakończył karierę zawodową i został sprzedany w prywatne ręce za pośrednictwem znanego handlarza, Michaela Sheehana. Francuskie Maranello ma najmniejszą spośród prezentowanych tutaj wartość - wycenione zostało na 355 000 $, egzemplarze Prodrive'u przekraczają 600 tysięcy.