W dwa lata po zakończeniu produkcji F40 i wyścigowego F40 LM, Michelotto został jeszcze raz poproszony o zbudowanie torowej wersji, tym razem na potrzeby nowej serii BPR GT. Pierwszy egzemplarz – s/n 900001 zbudowany został na bazie modelu GT z roku 1993.

Konstrukcja została wzmocniona wstawkami z karbonu i powiększoną ramą rurową. Nowe były też hamulce i koła. Do napędu były do wyboru trzy typy jednostek: 3-litrowe na tory z małym zużyciem paliwa, 3,5-litrowe na te z dużym i 3,6-litrowe na Le Mans. Wszystkie oparte na tej samej jednostce co F40 LM – F120 B. W zależności od wymogów regulaminu, silniki te osiągały moc od 660 do 800 KM, głównie dzięki nowemu chipowi. Dużym skokiem naprzód była zmiana skrzyni biegów – z pięciobiegowej pochodzącej prosto z drogowego F40 przerzucono się na sekwencyjną sześciobiegową z 333SP.

W 1996 samochód przeszedł kolejne zmiany, jak np. ulepszona skrzynia biegów, karbonowe sprzęgło czy efektywniejsze hamulce. Z tyłu można zauważyć nowe, jednoczęściowe skrzydło. Ze względu na stosunkowo dużą ilość zmian, model ten często nazywany jest F40 GTE II.

Mimo upływu czasu F40 GTE do samego końca występów uznawany był za jeden z najładniejszych samochodów w stawce. Nigdy jednak nie był popularny – w 1994 roku produkcję ograniczono do jedynego prototypu, który służył potem jako normalny samochód wyścigowy, w 1995 i 1996 zbudowano po trzy. W 1998 ostatni egzemplarz specjalny zamówił kolekcjoner z USA.

Tylko cztery z nich stanęły w szranki na torach i sprawowały się naprawdę dobrze. Niska masa i duża moc pozwalały na ogrywanie takich sław jak McLaren F1 GTR. Oprócz serii BPR GT trzy z nich wystartowały w 24-godzinnym wyścigu Le Mans, niestety na dłuższą metę samochody okazały się zbyt mało wytrzymałe i po prostu awaryjne.