Zanim jeszcze powstał niezwykły Enzo, musiały minąć lata projektowania i testów. W projekcie ‘FX’ brały udział trzy prototypy – M1, M2 i, przedstawiany tutaj, M3. Budowa jedynego egzemplarza zaczęła się 25. września 2000 roku, a skończyła równo trzy miesiące później. Jego zadaniem było testowanie nowej jednostki napędowej – Tipo F140.

Aby móc testować nowy silnik bez wzbudzania jednocześnie zainteresowania mediów, okryto go karoserią pochodzącą z Ferrari 348. Do pomieszczenia o 1/3 większego silnika niezbędne były zmiany w konstrukcji nośnej. Widać wyraźnie, że jest on szerszy i wydłużony aż o 25 cm od miejsca zakończenia kabiny pasażerów.

W porównaniu do ostatecznej wersji silnika stosowanego w Enzo – F140 B – zmieniono niewiele. Najbardziej zauważalną zmianą jest zastąpienie osłony silnika karbonową w miejsce tej aluminiowej. W wersji drogowej blok silnika jest już jednoczęściowy, ale co ciekawe, pozostała ta sama chłodnica oleju, pamiętająca jeszcze czasy Ferrari 550 Maranello.

M3 to właściwie zlepek wielu różnych aut. Wszystkie części, które nie stosowane były wcześniej w żadnym innym modelu wykonano ręcznie. Karoseria i wnętrze pochodzi w dużej mierze ze starego 348, natomiast wszelkie podzespoły typu zawieszenie i układ hamulcowy z 355 Challenge. Błotniki wykonano specjalnie do tego modelu z kompozytów – tylne można zdjąć w kilka sekund, aby dostęp do silnika, który jest w tym prototypie najważniejszą częścią, był możliwie jak najłatwiejszy. Tak samo jest z górną pokrywą silnika, którą się po prostu odpina. Tylne szybki boczne wykonano z bardzo grubego tworzywa, aby możliwie jak najlepiej wzmocnić konstrukcję przedłużonego tyłu. Tylny pas wraz ze światłami zapożyczono z modelu 360 Modena. Z tego modelu pochodzi też tablica rozdzielcza.

W praktyce wszelkie prototypy Ferrari tego typu są niszczone lub zamykane w magazynach firmy - w każdym razie nigdy nie pokazywane publicznie. Ten egzemplarz został wystawiony na aukcję Sotheby’s w 2005 roku, która wystosowała krótki opis auta, na podstawie którego pisany jest ten tekst. Przy stosunkowo niskiej ceniej wywoławczej - 130 000 dolarów - samochód znalazł swojego właściciela za 1,2 miliona. Nie jest to jednak pojazd przystosowany do ruchu drogowego – firma Ferrari nie rejestrowała go i sama przestrzega przed używaniem go w ruchu drogowym.

Na zdjęciach Fumacher'a zrobionych podczas wakacyjnych Spa FXX Days widać jednak, że M3 jest zarejestrowany we Francji i użytkowany na normalnych drogach. Od 2007 użytkowany jest w Niemczech, także na publicznych drogach. Należy do teamu Modena Motorsport.