Pozostając w produkcji bez większych zmian od czasu rozpoczęcia produkcji sześć lat wcześniej, prezentacja 456 po face liftingu miała miejsce na marcowym salonie w Genewie w 1998 r. Podobnie jak w przypadku F512 M, dyskretne zmiany oznaczono jedną literką - M - skrót od modificata.

Eleganckie nadwozie udowodniło swoją wartość - zmieniono w nim tylko detale. Najłatwiejszą do wychwycenia różnicą jest powiększony i bardziej uwydatniony grill, w którym znalazły się teraz dwa dodatkowe światła. Mniejsza ilość obserwatorów zauważy brak wylotów powietrza, umieszczonych w poprzedniku za chowanymi reflektorami. Wiązało się to z przeprojektowaniem całej maski, która od tego momentu była wykonywana z włókną węglowego zamiast aluminium. Efektem było przeprofilowanie całego nosa samochodu, któremu nadano bardziej płaski kształt i wysunięto do przodu.

W środku właściciel 456 M GT mógł się pochwalić nowymi siedzeniami i odświeżoną deską rozdzielczą. Lista opcji była właściwie skromna - obejmowała różne specjalnie kolory skórzanej tapicerki, siedzenia typu "Daytona" i zestaw toreb dopasowany do bagażnika.

W takiej formie M przetrwał aż do 2004, nie tracąc nic ze swojej klasy i ekskluzywności. Został zastąpiony przez 612 Scaglietti, który już nie powtórzył jego komercyjnego sukcesu.